События разворачиваются в альтернативной временной последовательности бетаГ. Во время временных перемещений Ринтаро Окабэ стремился защитить свою любимую, однако непреднамеренно стал причиной её гибели. Юноша, переживающий последствия травмы и терзаемый чувством ответственности, обнаруживает существование проекта по переносу ментальности индивида в искусственную нейронную сеть. С большим удивлением он узнал о наличии цифровой копии своей скончавшейся подруги.