Действие разворачивается в Токио времен Второй мировой войны вокруг жизнерадостного ребенка Тотто-чана, пытающегося освоиться в рамках строгой школьной системы того времени. После увольнения учительницы, родители отправляют её учиться в необычную учебную станцию "Томоэ", где учебные группы размещаются внутри исторических железнодорожных вагонов. Руководитель учебного заведения поддерживает у учащихся стремление к самостоятельности и творческому самовыражению, подчеркивая их значимость