В альтернативной реальности, следующей за завершением главы "Инадзума 11", повествование строится вокруг трех ключевых персонажей: Хаякиты Рёхэя, Инамори Асато и Ноcаки Юми. Молодежь, обитающая на острове, страстно увлечена игрой в футбол; однако их команда неожиданно расформирована, и восстановление возможно лишь через победу в соревновании под названием «Футболистский барьер». Асуто Инамори вместе со своими приятелями покидает остров и направляется в столицу, где планирует продолжить обучение в школе Раймон и принять участие в соревнованиях по футболу под названием «Граница». Однако стартовый поединок у них запланирован против сильнейшего соперника из Академии Сэйшо.