К середине XXI века глобальное потепление привело планету к необратимому экологическому коллапсу. Владельцы новых поселений, укрывшихся в «городах завтрашнего дня», управляют глобальной экономикой через налоги и ограничения выбросов CO2; каждое отклонение от установленных норм незамедлительно наказывается. Возвышаясь над Токио, возвышается колоссальная конструкция – современный мегалополис Атлас; остальная часть города находится в запустении, превращена в лесные массивы ради борьбы с выбросами CO2. Власть над Атласом сосредоточена у группы высокопоставленных дворян под руководством безжалостной и беспринципной Рёко; однако даже ей неподвластны финансовые интриги талантливого ребенка по имени Карина, которая разработала сверхмощный компьютер "Гидра". Однако и лидеры технократического общества "Атлас" придерживаются одного древнего предзнаменования...

В настоящее время в Японии функционирует организация революционеров под названием «Эра Железа», которая призывает отказаться от экологических загрязнений и перейти на использование биоинженерии. Их центр располагается в районе возле собора Дуомо среди руин города Токио. События разворачиваются со дня выхода из женского исправительного учреждения 18-летней Киоко Ходзё – потомка главы движения «Стального времени» и обаятельной особы, пользующейся авторитетом среди всех повстанцев. Они не осведомлены о том, что за Кунико наблюдают; для того чтобы направить её по нужному пути, на соборе Дуомо атакует группа во главе с майором Кусанаги. В разгар сражения выясняется, что судьбы Кунито, Кусараги и восьмилетней дворянки Микунэ предопределены предсказанием. Они станут определяющими для будущего нашей стареющей планеты.