В период Бакумацу молодые души пылали тревогой о будущем своей родины. Такасуги Синсаку вместе с напарником Когоро Кацарой тайно проникает на правительственный корабль, стремясь отыскать загадочный прибор времени, способный изменять временные рамки, опасаясь захвата этого артефакта властями. Чтобы предотвратить попадание могущественного артефакта в чуждые руки, Синсаку планирует его уничтожение; но после захвата он оказывается утраченным, вынуждая команду гнаться за похитителем вплоть до правительственной резиденции в Киото. Однако, прибыв в главный город, путешественники обнаруживают, что власть сменилась: страной ныне управляет божественное существо по имени Сусаноо. Облик городских улиц и обитателей заметно изменился по сравнению с воспоминаниями Синсаку и Когоро. Эпохи сменились, однако цель осталась прежней – герои стремятся остановить наступление тьмы и защитить своё племя от враждебных сущностей, стремящихся подчинить его власть.