Когда-то давным-давно королевство долины достигло пика своего величия, однако затем неожиданно оказалось охвачено сумбуром. Два наследника монарха, опираясь на мощь мифических существ Реширам и Зекром, спровоцировали конфликт, нарушивший гармонию сил дракона, поддерживавших процветание царства. Благодаря легендарному покемону Виктини был восстановлен порядок, а мощь драконов запечатана в Клинок Равнины. Неподвижность клинка критична; малейшее смещение приведет к неизбежной катастрофе.

Представитель разрозненного племени долины по имени Демон жаждет возродить славные традиции своего сообщества. Он вызывает мифического монстра Зекрома, дабы извлечь Меч долины и применить мощь драконов для собственных замыслов. В тот момент Сатоси вместе со своими приятелями прибывает в поселение Эйндоак, расположенное под горным хребтом Меча Долины. Осознав замысел Дамона, герои принимают решение поддержать Виктини, стражницу долины, дабы избежать катастрофы и предотвратить повторение давней трагедии, произошедшей тысячелетия назад.