Тим Рокет успешно клонирует легендарного покемона Мью, используя его ископаемое. Мьюʼу, нареченная этим двойником, стремительно воспылает гневом по поводу условий собственного рождения и начнет творить непотребства. Позже к нему подходит Сакаки, глава команды "Тим Рокет", и принуждает Мьюʼу к противоправным действиям через манипуляции. Охваченный негодованием по отношению к людским хитростям и пережитой жестокости, Мьюʼу замыкается в себе, замыслив возмездие людям и параллельно раздумывая о своем подлинном назначении в мире.

Воплощая образ сильнейшего наставника по покемонам, Мьюцзу вызывает интерес у ведущих мастеров области, жаждущих поединка со скрытой силой. Судьба планеты висит на волоске, и прославленные наставники по имени Сатоши, Такэси и Касуми обязаны противостоять Мьюцзу и одержать над ним победу до того, как тот уничтожит человечество.